一般的に一番出やすいとされている副作用は、下痢や便秘、ガスが出るなどの消化器系のものです。グルコサミンはグルコース（エネルギー源となる糖分）と似ており、糖尿病の人が摂取しすぎると、血糖値が上昇するという説もあります。ただ３年間摂取し続けた人のデーターをとってみても、血糖値が上がった実例はありません。
しかし、中には糖尿病が悪化した人もいましたので、糖尿病の人はかかりつけの医師と相談しながら使用すると良いでしょう。
副作用はまったくないか、軽微である。ポルトガルで行われた大規模な研究では、グルコサミンに対して被験者の約１２％が愁訴を書き出していますが、そのほとんどは、胸焼け、吐き気、胃痛、消化不良を含む胃腸の不良です。イタリアの研究チームによって行われ多動物実験による慢性毒性検査の結果では、変形性関節症に対して一般的に処方されるインドメタシンなどの非ステロイド抗炎症剤に比べて１０００倍から４０００倍も安全であることが確かめられている。
しかし、妊娠中の場合は、グルコサミンを摂る前に医師に相談したほうがよいです。摂り方がベストなのは、食事と一緒に摂ることである。特に胃腸に潰瘍がある場合、あるいは、グルコサミンを摂った後で胃に不快感がある場合には、食事と一緒に摂るのが望ましいです。もともと体内にある成分であるので、副作用は出にくいが、グルコサミンの原料として、カニやエビの甲殻を使用するので、カニ、エビのアレルギーがある場合、アレルギーが出る場合がある、胃に何も不快感が無い場合は、空腹時に飲んだほうが吸収がよくなる。
そしてグルコサミンが体内で生産されたものであろうと､栄養補助食品の形で摂取されたものであろうと､その作用に影響はなく､ポルトガルで行われた研究の結果でも､被験者の８０%は副作用を一切体験せず痛みは確実に少なくなりました｡
副作用がみられた被験者は､ほとんどが胃腸の不快を訴えたものほとんどでしたが､この副作用も1～3週間で消えました｡ただグルコサミン療法を行うにあたっては､従来の治療にプラスする治療法と考えるべきです。
